Lambang Institut terdiri atas unsur yang memiliki makna :
Kubah berwarna hijau melambangkan kesejukan, kelembutan, kesegaran, kedamaian, dan keseimbangan;
Bola Dunia berwarna biru melambangkan kejernihan pikiran dan komunikasi;
Kitab terbuka berwarna biru melambangkan bijaksana, kerja sama, dan sopan santun;
Tutup Bubungan (timpa laja’) berwarna emas melambangkan prestasi, kesuksesan, kemenangan, dan kemakmuran;
Tulisan IAIN berwarna merah melambangkan keberanian, energi, dan semangat
Tulisan PAREPARE berwarna hitam melambangkan keagungan, kemakmuran, percaya diri, dan kuat;
Unsur lambang Institut memiliki makna :
Kubah atau Ornamen Islam melambangkan keluasan dan keterbukaan, serta kedamaian dalamnaungan ketauhidan dan keagungan Allah Swt.;
Bingkai Biru mengilustrasikan kitab Al-Quran dan Hadis sebagai sumber dan pedoman utama serta bingkai dalam mengembangkan ilmu, teknologi, dan
seni dalam kultur akademik serta sendi kehidupan dalam berbangsa dan bernegara;
Bola Dunia melambangkan keluasan horizon, orientasi, dan integrasi ilmu pengetahuan yang Islam Rahmatan lil Aalamiin;
Rumah Adat, sebuah karya teknologi yang melambangkan perguruan tinggi keagamaan Islam negeri yang berakulturasi budaya sebagai wadah dalam menuntut ilmu pengetahuan, teknologi, dan seni;
Tutup Bubungan (timpa laja’) bersusun tiga menunjukkan tridharma perguruan tinggi dan menunjukkan ketinggian derajat (status sosial dalam masyarakat) yang dimaknai sebagai ketinggian derajat orang yang berilmu pengetahuan;
Tulisan IAIN mengilustrasikan buku terbuka yang bermakna dasar keilmuan, penyedia informasi, dan sumber penerang insan akademik;
Tulisan PAREPARE menunjukkan nama kota kedudukan IAIN yang terletak di Provinsi Sulawesi Selatan; dan
Makna lambang secara keseluruhan, Institut sebagai pengemban kajian Akulturasi Budaya dan Islam Rahmatan Lil Alamin dengan berpijak pada kearifan lokal untuk mewujudkan muslim moderat yang berwawasan global dengan prinsip “thinking globally, acting locally” atau berpikir global, bertindak lokal yang malebbi warekkadana, makkiade’ ampena, santun dalam bertutur, sopan dalam berperilaku.
